凤凰体育平台:如何使用NCBI进行爆炸比较

2021-04-02 02:16:16 浏览: 189次 来源:【jake】 作者:-=Jake=-

BLAST是一组生命科学研究中常用的分析工具,用于蛋白质数据库或核酸数据库中的序列相似性比较。英文全称是Basic Local Alignment Search Tool。作为生命科学研究领域中使用最广泛的数据库之一,NCBI受到大多数科学研究者的青睐。今天,我将向您简要介绍NCBI的爆炸比较。

在NCBI上的Blast分为四种类型:核苷酸BLAST:核酸到核酸;核酸BLAST:从核酸到核酸。 blastx:核酸转化为蛋白质; blastn:蛋白质变成核酸;蛋白质BLAST:蛋白质到蛋白质。

此处的编辑器以核苷酸BLAST的操作为例来演示如何进行序列比对。单击上图中的“核苷酸BLAST”以打开比较界面,粘贴或上传要比较的序列,选择数据库,填写种类,调整每个参数(通常默认值就足够了),然后单击BLAST进行比较。需要说明的是,调整参数时,E值是最重要的参数,可以根据情况适当调整。

比较后,您可以查看比较结果。这里以老鼠为例,简要介绍比较结果。提交BLAST比对后,请稍等一会(时间长短取决于所提交的序列),您将获得以下比对结果页面。

查看比较结果时,E值和得分值是最重要的。 E值越小且Score值越大,比较结果将越可靠。

在“图形摘要”界面中,每个线段均代表一个比较结果lol压注 ,单击鼠标即可获得相应的比较信息。

在“比对”界面下,每个比对结果均显示多个序列比对结果。单击“下载”以下载比较结果,或单击“基因库”以了解有关比较结果的更多信息。

分类学界面主要告诉我们比对序列在分类学中属于哪个物种。

在此显示比较结果。但是ncbi进行blast比对流程爱游戏app ,如果您仍然不了解某些参数的具体含义,那就没关系了。 NCBI也有BLAST的正式描述。有关详细信息,请参阅“ BLAST主题”。网址如下:

通常,尽管技能很小,但操作并不容易。每个步骤都需要调整各种参数。在实际分析中,有必要学习使措施适应当地条件和时间条件,并根据不同情况选择不同的参数华体会首页 ,以获得最佳效果。每个数据库或软件都有文档。当您不知道如何操作时,您必须知道如何寻求“帮助”,并且您必须有耐心和毅力,不要害怕犯错误。此外,在我们的小组演讲厅中,还有更多的学生信函分析技能。有关详细信息,您可以扫描以下QR码进行选择和学习。

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